Safari 4.0.4にアップデートに伴い、Top Sites画面を呼び出すショートカットが変更されています。(via.ゆっくり建てる Safari 4.0.4にてこのショートカットキーが コメントを見る)

変更は以下の通り

Mac

(4.0.3以前)
Command+Shift+1
(4.0.4)
Command+Option+1

Windows

(4.0.3以前)
CTRL+Shift+1
(4.0.4)
CTRL+ALT+1