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Safari 4.0.4へのアップデートでこの問題は解消されています。
Safari 4.0.4にてSafari for Windows及びiTunes 9の文字化け問題が解消 : Safari Realized 
Safari for Windowsを利用の方に、結構な割合で「宇宙語が表示されて読めない!」という人がいるようなので、文字化け解消方法を
- メニューから”編集”→”設定”を選択
- 設定ウィンドウで表示を選択。
- "フォントの滑らかさ"が"Windows標準"になっていたらそれ以外に変更する。
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以上で文字化けは解消されると思われますので、一度お試し下さい。
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どうやら原因は追加インストールされた"Windows XP および Windows Server 2003 向け JIS2004 対応 MS ゴシック & MS 明朝フォントパッケージ"のようです。該当フォントパッケージをアンインストールすると、"フォントの滑らかさ"を"Windows標準"に設定しても文字化けしなくなります。
フォントを日本語にするとメニューのほうも直りますね。